Como parte del proceso de Descentralización que se ordenó a nivel Nacional durante la Presidencia del Dr. Ernesto Zedillo Ponce de León, en el Sector Salud, se dispuso la creación de mecanismos administrativos para que cada Estado maneje, de acuerdo a un Programa y Norma específica, en congruencia con las ya existentes, la Beneficencia Pública, que en atención a lo anterior, resultó indispensable establecer las bases para que el Estado de Yucatán pueda administrar el Patrimonio de la Beneficencia Pública y poder así estar en condiciones de iniciar o continuar programas de Asistencia Social a las clases más desprotegidas económicamente o en desventaja física y mental.

Desde 1991, Yucatán estuvo enviando al Patrimonio de la Beneficencia Pública Nacional, el 15% de sus ingresos totales, por concepto de Cuotas de Recuperación y que con la creación de la Administración del Patrimonio de la Beneficencia Pública del Estado de Yucatán, el 10% de los ingresos son administrados por este Organismo Estatal, lo cual redunda en importantes beneficios para la comunidad Yucateca; que se ven reflejados en ayuda directa a personas necesitadas y apoyo a Instituciones de Beneficencia No Lucrativas.